בעזרת טכנולוגיה מהפכנית אשר משחררת את זיכרונותיו הגנטיים, קאלם לינץ' (מייקל פסבנדר) חווה את ההרפתקאות של אבי אבותיו, אגילאר, בספרד של המאה ה-15. קאלם מגלה שהוא נצר לחברה סודית ומסתורית, המתנקשים, ושהוא נושא עמו ידע וכישורים אדירים שאיתם הוא יכול להתמודד עם ארגון הטמפלרים העוצמתי והמדכא בימינו.