סבו של ג'ייק היה משאיר לו רמזים לתעלומה חובקת עולמות וזמנים שונים, הוא מוצא מקום קסום ומיוחד המכונה בשם "המעון של מיס פרגרין לילדים משונים". הסכנה מעמיקה בעודו לומד להכיר את את דרי המעון ולומד על הכוחות המיוחדים שלהם ואת האויבים החזקים שלהם. בין היתר ג'ייק מגלה כי רק המוזרות שלו יכולה להציל את חבריו החדשים.