באטמן (בן אפלק) לא מאמין כי כוונותיו של סופרמן (הנרי קאביל) טהורות, ועד מהרה מתפתחת בין השניים יריבות מרה. בזמן שהעולם מתחבט בשאלה, האם להמשיך ולהאמין אמונה עיוורת בגיבורי העל בעלי כוח בלתי מוגבל או שמא יש למצוא דרך לרסנם, לטובת האנושות. בנוסף לכל זה, איום חדש, בדמות מפלצת "יום הדין" הנוצרת על ידי לקס לות'ר (ג'סי אייזנברג), מאיים על המשך קיומו של המין האנושי יותר מאי פעם. עכשיו הכל תלוי בסופרמן ובאטמן שיישבו את הסכסוך ביניהם, ויאחדו כוחות עם וונדר וומן (גל גדות) על מנת לעצור את לקס לות'ר ואת "יום הדין" מלהחריב את העולם.